一、聚焦水环境综合治理，加大科技支撑保障力度
2018年，经国务院同意，生态环境部联合国家发展改革委印发实施《长江保护修复攻坚战行动计划》，国务院各有关部门和长江经济带11省（市）坚持问题导向和目标导向，突出重点，开展系列专项行动，推动解决了一大批老大难环境问题，长江生态环境保护发生了转折性变化，2020年以来，长江干流国控断面水质已连续两年全线达II类。尽管成效明显，但也要清醒地认识到长江保护修复还面临一系列困难和挑战，长江沿线污染治理仍存在短板，成效仍需巩固。
《行动方案》在充分衔接“十三五”工作和成效的基础上，针对磷污染综合治理、入河排污口整治、工业污染防治、尾矿库污染治理、推进锰污染综合整治等任务开展持续攻坚。围绕《行动方案》水环境综合治理攻坚任务，需充分发挥科技创新的支撑保障作用。一是探索构建磷污染全生命周期管控体系，加强磷矿资源开发管控；加强磷石膏库污染防治技术攻关，提升磷石膏库防渗建设和渗滤液回收技术水平。二是研究建立基于排污环境风险识别与评估的排污口分类分级技术，支撑建立排污口长效监管机制，强化长江入河排污口精准治污。三是继续以省级及以上工业园区为重点，研究建立园区水环境风险防控监管体系，开展初期雨水污染控制研究；构建工业园区工业废水特征污染物监管体系，深入开展园区污水收集处理设施建设运行、达标排放等情况分析，推动提升污水收集处理效能。四是围绕防范化解尾矿库安全风险，开展尾矿库防渗设施与地下水污染风险识别诊断方法研究，构建尾矿库地下水污染监测预警技术体系。五是以渝湘黔交界武陵山区“锰三角”为重点，研究制定严于国家排放标准的锰行业地方污染物排放标准；开展锰渣资源化利用技术攻关，研究制订锰渣利用技术标准，开发和推广应用锰渣资源化利用先进适用技术装备。
二、强化基础性科技创新，突破重点难点技术瓶颈
“十三五”期间，我国科技重大专项在环境科技方面取得多项科研成果，建成流域水污染治理、流域水环境管理和饮用水安全保障三大技术体系，有效支撑了太湖、京津冀等流域区域的水环境质量改善。形成生态保护红线划定技术方法体系，支撑建立了以国家公园为主体的自然保护地管理体制。然而，长江流域太湖、巢湖、滇池等重点湖泊蓝藻水华态势仍未根本扭转，氮磷浓度偏高，水生态系统不平衡问题日益突显；一些地方旱季“藏污纳垢”、雨季“零存整取”问题突出，面源污染已成为影响汛期水环境质量的主要因素。
《行动方案》针对长江保护修复难点问题强化攻坚，发挥科技攻关优势，推进在汛期面源污染行政区域责任界定、重点湖泊生态系统失衡与水华爆发机理、水生态监测评价等方面实现一批关键技术突破，推动长江水生态环境保护从以污染治理为主向水资源、水生态、水环境等协同治理转变。一是要开展总磷等主要污染物汛期污染强度监测分析，精准识别汛期浓度超标、大幅升高的断面，为厘清相关行政区域面源污染防治责任提供可靠的技术支持。二是强化湖库蓝藻水华防控技术创新应用，在湖滨带、入湖河道、河网湖荡等区域深入开展水生植被恢复技术研发，在湖区内开展水生植被恢复和食物链系统修复技术研发；深化机理研究，阐明地下水补给、污染负荷等特征，湖库生态修复条件与生境阈值等，推动改善河湖生态环境和水域生态功能。三是开展长江重点水域水生态调查监测和评价，摸清水生态“家底”，精准诊断水生态退化病因，突破水生态保护难点，开展水生态考核关键指标内涵判定、监测技术、评价期望值等研究，支撑建立健全长江流域水生态考核机制。
三、激发生态环境科技创新活力，提高技术成果转化成效
习近平总书记强调，要推进重点项目协同和研发活动一体化，加快构建龙头企业牵头、高校院所支撑、各创新主体相互协同的创新联合体，发展高效强大的共性技术供给体系，提高科技成果转移转化成效。“十三五”期间，生态环境部制定了《关于深化生态环境科技体制改革激发科技创新活力的实施意见》等文件，大力推动生态环境科技管理放管服。科研组织实施机制不断创新，以“1+X”模式组建“国家长江生态环境保护修复联合研究中心”，联合了全国260多家优势科研单位、5000名科研人员，形成大兵团联合作战的协作攻关模式，科技成果转化取得明显成效。
《行动方案》提出完善促进高校、科研院所绿色技术创新和成果转化政策措施，实施百城千县万名专家生态环境科技帮扶行动，引导有关企业成为技术创新决策、研发投入、科研组织和成果转化的主体等要求。这为激发创新成果，推动长江生态环境保护修复迈上新台阶提供了具体方向。一是要推进绿色技术融合创新，推动长江污染治理与现代科技深度融合，如利用同位素技术识别重点区域农业面源污染成因，利用环境DNA技术实现污染源的精准溯源，利用大数据、人工智能等信息技术，提升长江流域生态环境智能监管能力，进一步深化科技成果转化途径，提升科技服务效率。二是探索科技创新服务模式，充分用好资金、技术、人才等资源，打破区域、行业壁垒，进一步发挥“一市一策”驻点跟踪研究的科技服务，聚焦行业企业治污需求和地方管理需要，大力推动科技成果转化落地。三是加快推进产学研用深度融合，不断加强企业科技创新的主体地位和作用，推进企业参与科技重大项目顶层设计和重大决策。鼓励更多企业加入基础研究、技术创新、成果转化、产业化等科技创新活动，制定相关政策激励企业以更大力度投入科技创新。